Introduction :
C'est sous le règne de Charles IX, second fils de Catherine de Médicis, qu'éclate vraiment la tragédie des guerres de Religion entre majorité catholique et minorité protestante. En 1572, de crainte de voir les protestants de l'amiral de Coligny prendre trop de pouvoir, et sous la pression des Espagnols qui menacent d'envahir la France, le roi laisse les Guises, à la tête des catholiques, réprimer la révolte protestante lors de la Saint-Barthélemy. Le pays est déchiré, en dépit des efforts d'apaisement de Michel de l'Hospital, qui dirige le gouvernement, tout en renforçant le pouvoir royal.

Charles IX est déclaré majeur à Rouen en 1563. Il participe avec sa mère à une tournée d'inspection du royaume. Les tensions entre catholiques et protestants connaissent une accalmie relative entre 1563 et 1567.
Pourtant en 1568, la tentative des protestants de séquestrer le jeune roi entraîne la reprise de la guerre entre les deux partis.
Les huguenots sont battus à Jarnac et Moncontour en 1569. Afin de restaurer une paix partielle, Charles IX et Catherine de Médicis signent l'édit de Saint-Germain-en-Laye en 1570.
Les tensions entre catholiques et protestants restent fortes. L'influence de Gaspard de Coligny, chef du parti protestant, sur le roi inquiète Catherine de Médicis. Redoutant que Coligny arrive à convaincre son fils d'entrer en guerre contre l'Espagne, elle tente de le faire assassiner le 22 août 1572. L'échec de cette tentative, l'exaspération et le ressentiment déchaînent l'indignation des huguenots venus à Paris pour le mariage de Marguerite de Valois -la « Reine Margot », sœur de Charles IX et d'Henri de Navarre, futur Henri IV.
L'atmosphère est lourde entre protestants et catholiques. Se sentant menacée Catherine de Médicis, soutenue par les Guises, arrive à convaincre Charles IX de faire assassiner les chefs huguenots.
Dans la nuit du 23 au 24 août 1572, le signal est donné. Le prince de Condé et Henri de Navarre sauvent leur vie en se convertissant à la religion catholique alors que les massacres se prolongent jusqu'au mois d'octobre dans tout le royaume.
Henri de Navarre est gardé comme otage jusqu'à son évasion en février 1576 Il regagne alors le sud de la France, abjure la religion catholique et prend la direction de l'opposition huguenote.
Charles IX meurt en 1574, laissant à son frère Henri III un royaume ravagé par les guerres de Religion.